A l’époque de la Guerre de Cent Ans (de 1337 à 1450), les Messimois, pour se protéger des bandes de pillards mercenaires qui sévissaient dans la région, construisirent autour du coeur du bourg, une muraille défensive avec tours : le Vingtain. 
Pour organiser la défense, un capitaine-chatelain Lambert de Favarins, fut nommé à Messimy par le chapitre de Lyon, alors seigneur de Messimy en 1367. De cette enceinte fortifiée demeure la double porte voûtée, le seul accès à l'intérieur durant plusieurs siècles. 
Le vingtain était déjà construit lorsque fut établi le plus ancien relevé de la population qui nous soit parvenu, daté de 1374. Il faut préciser que la deuxième moitié du XIVème siècle est une mauvaise période, accablée par les épidémies et les guerres. Si les murs arrêtent parfois les brigands, ils ne savent barrer la route ni à la peste noire, ni à la famine. 
En conséquence, en ce temps-là, Messimy est peu peuplé, très peu peuplé. La faute en incombe aux troubles évoqués plus haut, et plus encore aux épidémies de peste. Celle de 1348-1350 a supprimé un habitant sur trois, celle de 1361 a annulé la timide reprise qui s’esquissait. La prochaine commencera en 1389… Les effets de ces mortalités effroyables ne seront pas compensés avant le milieu du siècle suivant.

De 1300 à 1800, malgré la forte mortalité de l’époque, le nombre d’habitants va progresser avec des hauts et des bas dus aux périodes de famine ou d’épidémie. 
Les agglomérations rurales se multiplient, d’où les noms de Villeneuve et de Francheville. Le monde paysan prend part à la renaissance de la ville, la production agricole étant suffisante pour nourrir les hommes qui s’y installent. L’argent des échanges permet alors à des serfs d’acheter leur liberté auprès des seigneurs. 
Au fil de l’histoire, le Lyonnais fut longtemps une zone de partage et de querelle entre les comtes du Forez et les comtes archevêques de Lyon. L’histoire du Lyonnais est donc intimement liée à celle du Forez ainsi qu’à celle de nos voisins du Beaujolais. Jusqu’à la révolution, le pouvoir royal et les hiérarchies religieuses maintiennent une certaine stabilité des institutions. A cette époque, on constate un renforcement de l’administration (centralisation, organisation judiciaire). La création de l’Assemblée provinciale en 1787 est le premier signe d’une mutation des structures. Les Lyonnais sont alors accusés de ne pas payer d’impôts et de s’enrichir au détriment des paysans. Pour ces derniers, les bourgeois de la grande ville sont des usurpateurs s’appropriant depuis le Moyen Age la terre des paysans. 
Le canton de Vaugneray comprend alors dix communes : Vaugneray, Brindas, Charbonnières, Chevinay, Courzieu, Grézieu-la-Varenne, Sainte-Consorce, Saint-Genis-les-Ollières, Pollionnay et Tassin-la-Demi-Lune. Messimy, depuis longtemps paroisse liée à Brindas et dépendant du même seigneur, obtient son indépendance et fait alors partie du canton d’Yzeron . 
Pendant la Révolution, l’activité du Lyonnais en faveur des prêtres réfractaires lui vaut alors le nom de « Petite Vendée ». 
Les lois des 14 et 22 décembre 1789 mettent en place les entités départementales et communales. La commune est dirigée alors par un conseil municipal composé du maire, des officiers municipaux et d’un procureur élus par les citoyens. Quant au Conseil général de la commune, composé du maire, des officiers municipaux et des notables, il se réunit pour les questions importantes. A cette époque, environ les deux tiers de la population sont encore exclus du suffrage, comme les chefs de famille âgés de moins de 25 ans, les paysans payant moins de 50 livres d’impôts et les chefs de famille recevant l’aumône. 
La convention du 13 janvier 1790 est à l’origine de la création des 83 départements. Celui de Rhône-Loire, scindé en deux départements le 12 août 1793, comporte alors six districts administrés par un conseil élu de 12 membres, un directoire de 4 membres et un procureur syndic : Lyon ville, Lyon campagne, Villefranche, Roanne, Montbrison, Saint-Etienne. Le canton est l’unité électorale de base avec un juge de paix élu par les citoyens.